เมื่อปี พ.ศ. 2535 ทางโรงเรียนบ้านพญาไพรได้ทำการสำรวจหมู่บ้านในเขตบริการจึงเห็นว่าบ้านผาจีอยู่ไม่สมควรที่จัดเป็นหมู่บ้านในเขตบริการและได้ทำการสำมะโนนักเรียนและรับนักเรียนเข้าเรียน แต่ก็ยังปรากฏว่าไม่ค่อยมีนักเรียนที่จะสมัครใจมาเรียนตามเกณฑ์ที่คาดเอาไว้ ทั้งนี้สาเหตุเป็นเพราะระยะทางที่ไกลและเส้นทางการคมนาคมที่ไม่สะดวกนั่นเอง
ปี พ.ศ. 2537 ซึ่งเป็นปีที่ทางทหาร (โดยโครงการพัฒนาเพื่อความมั่นคงในพื้นที่แม่ฟ้าหลวง – แม่จัน)ได้จัดพื้นที่ให้ราษฎรชาวไทยภูเขาอยู่ใหม่ บ้านผาจีจึงย้ายห่างไปไกลกว่าเดิม(ประมาณ 6 กิโลเมตร) แต่มีจำนวนหลังคาเรือนเพิ่มมากขึ้น (ประมาณ80 กว่าหลังคาเรือน) โรงเรียนจึงได้ออกทำการสำรวจและประชา-สัมพันธ์ในการมาเรียนใหม่โดยให้นักเรียนที่สนใจมาเรียนมาพักอยู่ในโรงเรียนได้ ปรากฏว่ามีนักเรียนมาอยู่ในโครงการประมาณ 12 คน แต่พอสิ้นปีการศึกษาปรากฏว่า นักเรียนที่อยู่หอพักก็ไม่ยอมพัก ใช้วิธีเดินทางไปกลับทุกวัน และเมื่อสิ้นปีการศึกษา 2539 นักเรียนบางคนก็ออกไปกลางคัน บางคนก็ขอย้ายไปเรียนต่อที่บ้านผาจี อ.แม่สาย (3 คน) และปีการศึกษา 2540 ไม่มีนักเรียนในบ้านผาจีมาเรียนในโรงเรียนบ้านพญาไพรเลย
พ.ศ. 2539 ทางศูนย์ฝึกและพัฒนาอาชีพราษฎรไทย บริเวณชายแดนจังหวัดเชียงราย ก็ได้ส่งบุคลากรเข้ามาประจำในหมู่บ้านและเปิดทำการสอนให้กับเด็กเล็กและผู้ใหญ่ที่สนใจในบริเวณบ้านผาจีโดยที่มีการประสานงานระหว่างนายทิวา ทองเพ็ชร(อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านพญาไพร) กับบุคลากรที่มาสอนของศูนย์ฝึกและพัฒนาอาชีพฯ อยู่ตลอดเวลาจนเมื่อ ปลายปี พ.ศ. 2540 นายทิวา ทองเพ็ชร ได้รับคำสั่งย้าย นายกฤษดา มหาวงศนันท์ ก็ได้รับคำสั่งย้ายมาเป็นอาจารย์ใหญ่แทน และได้รับฟังเรื่องการร้องขอให้มาเปิดโรงเรียนสาขาที่บ้านผาจีตลอดมา
จนกระทั่งเมื่อวันที่ 25 มีนาคม 2541 มีการประชุมคณะกรรมการโรงเรียนบ้านพญาไพร ประธานคณะกรรมการโรงเรียน นายจะมู แซ่ลี้ (มนัญชัย เฉลิมพรเกษม) ได้ปรึกษากับทางคณะกรรมการโรงเรียนว่า ควรให้ทางโรงเรียนดำเนินการเปิดโรงเรียนสาขาที่บ้านผาจีในปีการศึกษาต่อไป (ปี 2542) จะทันหรือไม่และได้ขอให้ทางอาจารย์ใหญ่ปรึกษากับทางอำเภอในเรื่องการดำเนินการเปิดโรงเรียนนายกฤษดา มหาวงศนันท์ได้ประสานงานระหว่างหัวหน้าการประถมศึกษาอำเภอ แม่ฟ้าหลวงและหัวหน้าศูนย์ฝึกและพัฒนาอาชีพราษฎรไทยบริเวณชายแดน จังหวัดเชียงราย เพื่อส่งเรื่องขอเป็นโรงเรียนสาขาใน ปีการศึกษา 2542 แล้ว แต่ปรากฏว่าผลการพิจารณาจาก คณะกรรมการการประถมศึกษาอำเภอ แม่ฟ้าหลวงมีมติให้ชะลอการเปิดโรงเรียนไว้ก่อน แต่โรงเรียนก็ยังส่งบุคลากรมาสอนอยู่ 1 ราย คือ นายภูษิต มาไกล โดยยึดนโยบายการประกันโอกาสทางการศึกษา เมื่อเดือนมีนาคม 2542 ทางโครงการ พ.ม.พ.(โครงการพัฒนาเพื่อความมั่นคงพื้นทีแม่ฟ้าหลวง – แม่จัน) ได้ทำการย้ายหมู่บ้าน ลิเช ให้มาอยู่ร่วมกับหมู่บ้านเดิมของผาจีอีก 21 หลังคาเรือนทำให้มี จำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้นทางโรงเรียนบ้านพญาไพรเห็นว่า ควรตั้งโรงเรียนเป็นเอกเทศ จึงได้เสนอเรื่องจัดตั้งโรงเรียนบ้านผาจีเป็นโรงเรียนเอกเทศ และส่ง นายสุขสันต์ สอนนวล อาจารย์ 2 โรงเรียนบ้านพญาไพร มาเป็น ผู้ประสาน งานในระหว่างดำเนินการจัดตั้งโรงเรียน จนกระทั่งปี 2545 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดเชียงราย ได้ประกาศให้โรงเรียน บ้านผาจีเป็นโรงเรียนเอกเทศในกลุ่มโรงเรียนเทอดไทย ในวันที่ 13 พฤษภาคม 2545 ได้ส่งนายสุขสันต์ สอนนวล มารักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ และทำหน้าที่เป็นครูใหญ่โรงเรียนบ้านผาจี จนกระทั่งถึงปีการศึกษา 2548 เดือน พฤศจิกายน พ.ศ. 2548 นายสุขสันต์ สอนนวล ซึ่งขณะนั้นดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านผาจี ได้รับคำสั่งแต่งตั้งจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาเชียงราย เขต 3 ให้ดำรงตำแหน่งรักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนพญาไพรไตรมิตรและให้ นายอนุชิต ไทยรัศมี รองผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านเทอดไทย มารักษาการในตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านผาจี ในวันที่ 1 ธันวาคม 2548 จนถึงกระทั่งถึง วันที่ 8 พฤศจิกายน 2549สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาเชียงราย เขต 3 ก็ได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้ นายอนุชิต ไทยรัศมี ไปรักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนป่าซางนาเงิน และให้ นายดำรงค์คำภิระปาวงศ์ มารักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านผาจี และเมื่อวันที่2 กุมภาพันธ์ 2550 ก็มีคำสั่งแต่งตั้งให้นายดำรงค์คำภิระปาวงศ์ ดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านผาจี จนกระทั่งถึง 2 เมษายน 2551 นายดำรงค์คำภิระปาวงศ์ ได้รับคำสั่งย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนป่าไร่หลวงวิทยา และมีนางสุดา ไทยรัศมี มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านผาจี ตั้งแต่วัน 27 พฤษภาคม 2551 จนถึง 25 มีนาคม 2554 และมีนายสุภาพชน จันทรสาร ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านผาจี ตั้งแต่ 1 เมษายน 2554 จนถึง28 กรกฎาคม 2556 ต่อมานางสาวมัญชุสา เพ็ชรชนะเป็นผู้อำนวยการสถานศึกษา มาดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 28 มกราคม 2557 และได้รับคำสั่งย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนรัฐราษฎร์วิทยา ในวันที่ 17 มีนาคม 2558 หลังจากนั้นมีนายวิทยา ทากัน มาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนบ้านผาจี ในวันที่ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2558 จนถึงวันที่ 17 พฤษภาคม 2561
วันที่ 1 มีนาคม พ.ศ.2562 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาเชียงรายเขต 3 ได้แต่งตั้ง นายชำนาญ บอแฉ่ ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนบ้านผาจี ปัจจุบันมีข้าราชการครู ครูอัตราจ้าง เจ้าหน้าที่ธุรการ รวมทั้งสิ้น 9 คน นักการภารโรง 1 คน